Misija Zavoda je očuvanje i unapređenje zdravlja stanovništva Hercegovačko-neretvanskog Kantona/Županije putem organizovanih sveobuhvatnih javnozdravstvenih aktivnosti usmjerenih na sprečavanje nastanka bolesti kao i na promociju zdravlja, promicanje zdravog načina života i ranog otkrivanja bolesti. U tu svrhu provode se svakodnevne aktivnosti kao što su prevencija i rano otkrivanje bolesti, zdravstveni odgoj i promociju zdravih načina života.
